Que tal marvicdigital....
El tema de electrónica no está muy desarrollado en Linux,... haber hay de todo, pero no mucha variedad y muchas veces los programas no están todo lo desarrollados que sería deseable y algunos suelen tener fallos, librerías escasas, etc.. También hay programas tipo corel aunque hay que aprender a usarlos (inkscape por ejemplo). Y también hay versiones comerciales para linux de alguno de estos programas.
La segunda opción es emular con Wine: los programitas sencillos suelen funcionar sin problema, los programas grandes suelen dar problemas, aunque hay gente que los hace funcionar, pero hay que andar trasteando, trayendo librerías y configurando cosas, y aún así es dificil que funcionen 100%. Sé de gente que ha instalado Autocad con wine y lo ha hecho funcionar.
Además hay programas que no funcionan si no están en un windows "de verdad". Yo he intentado el Mplab sin configurar nada en wine y no ha funcionado, pero tampoco me he puesto a ver cual es el problema, por ahora estoy usando Piklab, he instalado algunos compiladores con wine y van bién desde Piklab, aunque da algún problema con algunos micros, .
La tercera opción y las más usada yo creo es virtualizar windows dentro de ubuntu, usar ubuntu para conectarse al exterior y el uso normal; instalar en windows solo programas oficiales o que te dén cierta confianza, en todo caso se puede pasar un antivirus desde linux que los hay libres. Si si tienes un PC más o menos actualizado quizás esta es la mejor opción.