Creo que lo que necesitas es una resistencia de pull-up, pues esta es la que hace que circule corriente por el colector. Me explico, supuestamente cuando se presenta un pulso, el transistor se activa ¿estoy en lo cierto?, en la primera configuración funciona porque cuando el transistor entra en corte fluye una corriente del colector hacia el emidor, produciendo el voltaje a través de la resistencia de emisor.
En el segundo caso no hay como generar esta corriente de colector, !ya que el pin del pic es una entrada!, la corriente fluye hasta el pic, y nunca se va a activar tu transistor; esto se soluciona colocando la resistencia del colector a vcc.
suerte, y que pena por responder apenas ahora, acabo de ver tu mensaje, es posible que a estas alturas ya lo hayas solucionado..