Si haces haras tu panel en eagle debes usar la upl panelize, esta te creara una nueva capa , asi cuando estes varios diseños se respetara los nombres de componentes.r1(placa1) r1(placa2) r1(placa_n) , etc...
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Adjunto imagen de como me salen los drills con un offset. Asi envie los archivos y antes pregunte si esto estaba bien y me dijeron que si,que no habia problema.