Richi puedes usar las lineas de control del DB9, en caso de que no la estes usando, con DTR puedes manejarlo como si fuera un bit sensor, que conectaras a Vdd o a gnd y luego preguntas en el software por ese bit.
Hace poco estaba ensayando con un programa que escaneaba las tramas de los controles remotos infrarrojos, y usaban el puerto serial y toda la comunicación la hacian por ese pin, SIN usar el protocolo RS232