Lo que si he descubierto por ahora es que el TIMER1 cuenta pulsos fenomenal
Es porque este timer con los módulos CPP han sido diseñados para eso mismo. Es muy común intentar utilizar el TIMER0 para contar y comparar porque si miras al TIMER0 tiene un esquema muy simple y pocos bits que tocar para configurarlo, pero no es la mejor recomendación. En cambio los TIMERS acoplados a módulos de captura y comparación son mucho más eficaces y eficientes.
Mi recomendación un poco insistente y a veces hasta molesta para algunos es que si quieren contar y comparar o medir frecuencia o período es que utilicen esta combinación. Es más complejo de entender el hw, pero vale la pena cuando una vez que cambias unos pocos bits se hace la magia. En este foro hemos tenido gente que se ha pasado meses tratando de hacer eso con TIMER0 y siempre salta algún resultado inesperado cuando agregan un fragmento de software en otro lado y se afecta su rutina de conteo/medición.
Veo que ya vas por el buen camino entonces y que pronto estarás haciendo maravillas.
Un saludo
Reinier