Respecto a los archivos generados no sabría decirte, podes preguntarle directamente si reciben el otro formato. Luego a tener en cuenta es la capacidad de fabricación que ellos disponen, mínimo del ancho de pista, separación mínima, mínimo diámetro de agujero, etc.. Ellos entregan un archivo que es para Eagle, pero también una tabla para crear un rule y comprobar nuestro diseño.
Saludos!