Me permito recordarte que un motor no reacciona como una resistencia. La carga acumulada en la inductancia del motor debe ser eliminada. Es por eso que se utilizan los diodos en paralelo con cada transistor. Al desconectar el puente la energía es enviada a través de los diodos hacia la fuente de alimentación. Por eso en sistemas comerciales se utilizan circuitos energy dump para "tirar" la energía extra. Éstos son básicamente resistencias que son conectadas a la fuente cuando el voltaje es excesivo debido al "regreso" de energía de los motores.
De tu descripción del problema a mi parecer lo que te lo puede estar ocasionando es el efecto "kick back". Estos son pulsos muy cortos de alta energía generalmente de hasta el doble del valor de la alimentación realimentados del motor hacia el amplificador en el ciclo mencionado arriba. Están muy relacionados con la fuerza contraelectromotríz generada al realizar la conmutación.
Es práctica común sobre todo en equipos profesionales adicionar una bobina choke que elimina o limita los picos del kick back. Esta bobina se pone en serie con el motor quedando entonces entre una salida del puente y un polo del motor. El otro polo del motor se conecta directamente a la otra salida del puente. Ocasionalmente se llegan a utilizar dos bobinas, una a cada lado del motor.
El enlace a continuación muestra un módulo de potencia que suelo utilizar para el retroajuste de máquinas de mis clientes. Le llamé SERVOSWITCH ya que sólo corresponde a la etapa de potencia de lo que sería un servoamplificador para servomotores CD con escobillas. La configuración es medio puente bipolar quedando un polo del motor enclavado a tierra.
http://imageshack.us/photo/my-images/855/okk9.jpg/El punto importante es que notes que abajo del switch se observa un transformador. Éste es de 24V/3A con derivación central y utilizo el secundario como bobina choke. El primario queda desconectado y aislado al igual que la terminal libre del secundario.
El link siguiente muestra una fotografía con un sistema que utiliza servoswitches como el de la fotografía anterior.
http://imageshack.us/photo/my-images/585/cufb.jpg/Es interesante mencionarte que sin ese transformador pasa exáctamente lo que describes. Incluso como mis servoswitches trabajan a +/- 70V (diferencial de 140V) sin el transformador los transistores literalmente llegan a explotar.
Por lo que dificilmente alcanzo a apreciar la alimentación de tu sistema es de +12V y no existe disipador de calor en los transistores. De eso me atrevería a pensar que un transformador de 24V/1A te haga el trabajo, incluso es posible que hasta esté sobrado. Te sugiero que utilices un transformador con derivación central en el secundario ya que así podrás probar utilizando la mitad de éste.
Prueba primero con el secundario completo y revisa la temperatura de los transistores. Si se mantienen fríos entonces prueba con medio secundario.
La bobina choke es calculada de acuerdo a muchos factores como las características del amplificador, la inductancia del motor, inductancia de la línea de transmisión (longitud de los cables), etc. pero utilizar transformadores comerciales de la manera descrita arriba me ha funcionado muy bien.
A continuación pongo un link a un video de una máquina en la que utilizo servoswitches como el de la fotografía.
Espero que esta idea te ayude.
Un saludo.
PS: dado que utilizas chips drivers para los transistores y que con la resistencia como carga dices que funciona bien no creo que el problema se por shoot through que es un corto circuito a través de la fuente al momento de la conmutación.
Disculpen además por los anglicismos pero desconozco su traducción.
