Haciendo un poco de memoria, me costo encontrar algún programa que permita seleccionar el tipo de FAT, casi todos lo seleccionan teniendo en cuenta el tamaño del dispositivo. Tene en cuenta que con FAT12 o FAT16 no podes formatear algo superior a 1 o 4 Gbytes, no recuerdo el número exacto. Lo que hice para memorias chicas, digamos 256 Mbytes fue jugar con los sectores por cluster ( en el Format se llaman unidades de asignación ) si ese número es muy grande, digamos 64 Kbytes, entonces formatea a la memoria en FAT12, si es chico la formatea en FAT16.
Espero te sirva !