Ummm...
1. Yo de los planos no me preocuparía. Ellos te hacen una sugerencia pero es eso: una una sugerencia. Si lleva powerpad ponlo a un plano solido de GND en interna que es lo más cómodo y el resto de planos ponlos a tu gusto en capas externas o internas. Es muuuuuy raro utilizar una capa entera como plano que no sea GND: si no todas las placas llevarían 16 capas
. Lo que si que no pondría tantas vias o tan juntas como en el DC-DC porque fastidias los planos de debajo.
2. Da igual que USB se use como CDC, HID, MSD... es decir da igual el bitrate porque la señal irá igualmente a 480mhz si es USB HS. Es verdad que al ser diferencial y tener buena corrección de errores es muy robusto pero es buena práctica llevar D+ y D- en par diferencial de 90ohm y 50ohm como individuales. Si me dices la construcción de la PCB (cores, prepegs y espesor de cobres) te puedo ayudar. Luego me intriga mucho las lineas del conector USB ya que tienes D+ y D- en serie con resistencias ¿?. Luego 5V aunque lo tengas muy lejos del cargador no creo que pase nada, eso sí yo le pondría la pista mucho más gruesa y un buen condensador justo al lado del conector (50-100u), además de asegurarte que el condensador bulk de entrada al cargador sea suficiente (aunque eso seguro que ya lo has hecho).
En resumen, que es por lo que preguntas: no va a pasar nada porque pongas polígonos con distintos niveles. A efectos reales un poligono y un plano en Altium son lo mismo, de hecho puedes partir un plano en planos más pequeños.
Saludos.