¡Gracias por las respuestas!
Al final he desistido de utilizar el PWM como tal. He utilizado el TIMER1 con una variable global para el tiempo en alto y la diferencia a 3ms para el tiempo en bajo, además de una variable "flag" para indicar en qué parte de la onda cuadrada estamos.
El truco funciona pero lamento no haber podido utilizar el módulo PWM, ya que quería aprovechar este proyecto para aprender sobre él. De momento he aprendido que solo sirve para frecuencias altas.
¡Saludos!
PD: Si a alguien le interesa el posicionador es un DA-15-N-ISS de la firma VOLZ. En las especificaciones del PWM (Página 9 del datasheet), pone:
Frame Rate 2.6 … 2000 ms
Por eso he elegido 3ms de Frame rate.