Hola Antonio,
si, a un componente de una libreria se le pueden asignar varios footprints, y en el esquematico al colocarlos, puedes editarlo y seleccionar el footprint entre los disponibles para ese componente, antes de pasar al PCB (o cambiarlo posteriormente, e importar cambios al PCB).
Que bicho es ese BGA? yo no tengo claro si pondría un BGA, antes de explorar si existen otras alternativas...