Saludos Muchachos hasta ahora los que ejecutaban compiz fusion y querían usar eagle se enfrentaban a un gran problema, un eagle feo y transparente
la solución que le encontre es ejecutar este comando
export XLIB_SKIP_ARGB_VISUALS=1
luego ejecutar sudo eagle
pero era muy engorroso abrir la terminal y ejecutar uno por uno este comando, la solución un ejecutable que automatizara el proceso
abran una terminal en linux y ejecuten ( $ gedit Eagle.sh ) adentro ponen
#! /bin/bash
export XLIB_SKIP_ARGB_VISUALS=1
gksu eagle (para evitar problemas con la ejecusión se cambio el comando sudo por gksu para mayor comodidad)
guardan y le dan permiso de ejecución ( $ sudo chmod +x Eagle.sh)
se van a donde lo guardaron, ejecutan el archivo y

Eagle conviviendo con compiz fuzión (funciona tambien con sesión XGL)
les dejo dos imágenes de un antes y despues
Saludos