Seguimos con las preguntas...
¿Cómo están conectados los leds? Según como los coloques, tendrás que calcular la caida de tensión en la resistencia.
Es decir, si por ejemplo los agrupas en serie en grupos de tres (es decir, grupos en paralelo de tres diodos en serie), la caida de tensión en la resistencia será menor, y por lo tanto tendrá que disipar menor potencia. Es posible que entonces puedas utilizar resistencias de 0,5W o incluso de 0,25W.
Por otro lado, si colocas los dos colores en antiparalelo, con algo parecido a un puente en H de los que se usan para controlar motores podrías encender un color u otro o apagar los dos con solo dos cables. Lo que no podrás es encender los dos colores a la vez.