La lista que has hecho está bastante bien, aunque yo añadiría:
- condensadores de 22pF, necesitarás un par de ellos para el oscilador
- una fuente de 5V para alimentar el circuito. Si te resulta un elemento caro, puedes empezar con una batería de 9V y un regulador 7805.
- algunos pulsadores / interruptores
Con respecto al tamaño de la protoboard, para empezar no la necesitas muy grande. Yo comenzé con una de unos 20cm. Luego todas las protoboards se quedan pequeñas

Con respecto a los leds, hay algunos "extraños"; de luz blanca, en smd, de infrarrojos, pero lo normal es que si pides leds sin más, sólo te preguntarán el color y te los darán normales. En cualquier caso, puedes indicar al tendero para qué son y te dará los adecuados.
Ánimo, verás cómo te enganchas.