Pues ayer aprovechando que me llegaron los componentes (thx señor Nocturno) me puse a imprimir el fotolito y comprobar que los footprints que habia echo estaban bien (los hice manualmente) y todo correcto. El caso es que imprimi las 2 caras y resulta que los agujeros no coincidian correctamente, habia una desviacion de 2-3mm en el ultimo agujero, es como si una cara se imprimiese mas grande que otra. Despues de darle muchas vueltas pense que era la impresora que el calor deformaba el fotolito (cosa rara porque he imprimido otras veces 2 copias para sobreponerlas y siempre coincidian perfectamente). Digo, un A4 de papel normal no se deformara con el calor, imprimi y me paso exactamente lo mismo...
Al final quite la opcion de mirror (para que ambas caras quedasen mirando hacia la placa) y perfecto, cuadraba perfectamente.
Estuve mirando todas las opciones pero nada, no hay opcion para imprimir una cara mas grande que otra ni nada por el estilo, por lo cual lo atribuyo a un fallo del altium. La version que uso es 10.818.23272