Eso tiene un aspecto muy raro, ¿ que lo has ruteado a mano ?.
Las pistas de esos componentes SMD, no pueden salir por la otra cara, tienen que salir de la misma cara en la que está el componente, y si tienen que pasar a la otra cara, lo harán a través de una vía. Dale al autorouter, y terminarás antes, y sin problemas.
El plano de masa, como te dice solapower, está en la otra cara, no está tocando el componente.
El número de capas lo defines en el board, DRC > Layers.