Hola... te repito lo que me enseñó cucacracha en algún momento...
para hacer funcionar el autoplacer, primero debes delimitar el borde la placa dibujandolo con el 2D graphic box... en el layer Board Edge.
Luego hay que colocar manualmente un componente que deba quedar fijo, y luego activar el Autoplacer... el resto de los componentes se colocarán automáticamente (a criterio del programa), si quieres colocar manualmente mas de un componente puedes hacerlo.
Con respecto a los pines de alimentación... para el esquemático no son necesatios porque estan contemplados internamente en para la simulación pero no se muestran, al igual que no es necesario para la simulación el cristal para los microcontroladores (si hay que colocarlo si quieres luego hacer el PCB con Ares), por lo tanto, cuando hagas el Netlist to Ares, se incluirán los terminales de alimentación y podrás hacer el Autoroute sin problemas.
Un abrazo...
marmatar