no entiendo por que cablearlo a mano...
Yo estoy diciendo que pongas un conector ( que es lo que realmente vas a usar ) en el isis, unas los pines como se deben. y luego cuando lo pasas al ares solamente posicionas el conector, las mallas deberian estar puestas.
Luego vas a tener que ver si es posible asignarle un package, y ahi poder configurar 1 por 1 los pines de lo que vas a ver en el PCB con los pines de la simulacion.
Sino cuando haces click derecho en el LCD deberia poder elegirse algo que se llama "Packaging tools"

Donde te apareceria esta ventana:
(No le hagas caso a la flecha, es de otra cosa)

Y si tiene asignado un conector, simplemente modificas los valores, si observas en esa imagen (y si no me equivoco y es al reves) a la izquierda es el pin del componente en el PCB y a la derecha corresponde con el pin del esquematico.
Si no tiene nada, vas a tener que asignarle un footprint y poner los pines como a vos te gusten.