Hola selarem, antes de contestarte a tu pregunta, cual es el stack (cuantas capas) pretendes usar para ese diseño, quizá no te estás planteando bien el diseño o te sale más rentable usar una pcb con mayor numero de capas.
Por otro lado si ya contemplas ese tema mi siguiente pregunta es que Software de diseño de PCB estás utilizando, aun no tenga soporte para hacer eso siempre puedes hacer los dos circuitos por separado el de una PCB y el de la otra poniendo los conectorres o headers y nombrandolos de la misma manera tanto en una como en otra para no liarte.