Hola.
Yo he notado el problema, es cuando el repositorio, tiene muchas subcarpetas, en tu caso es C:\Programs Files\Microchip.....
Y me parece que lo mejor es casi en la raíz del disco C, yo lo tengo así:

El procedimiento es primero instalar es primero instalar el
Harmony 3 Launcher y el te recomendaría instalar tanto el MCC y MHC, en la siguiente imagen está sólo Launcher y el
MHC:

Una vez que se instalen y reinicie MPLAB X, debes ejecutar el
Content Manager:

Aquí es donde debes escoger la ruta de tu repositorio, la cual no debe llevar muchas subcarpetas:
Este proceso toma varios minutos, depende de la velocidad de tu internetAquí se abre una ventana parecida a esta:

Los paquetes mínimos que debes instalar son:


Lo paquetes CORe también sería buena idea sobre todo si deseas trabajar con procesos asincrónicos y multitareas:

Esta instalación, de igual manera toma su tiempo y una vez finalizada, para crear un nuevo proyecto, debes escoger uno que sea Harmony 3

Y luego llegas al parte donde tenías tu problema:

Las imágenes las estoy tomando de un tipo que estoy escribiendo, pero por falta de tiempo, no he lograrlo terminarlo:
