Hola Halowin
El BPW40 es un fototransistor que va a encender a la frecuencia en que enciendas el led emisor CQY99, es decir, va a parpadear a 38kHz. Si lo que quieres es que no parpadee, te recomiendo que utilices el TSOP1738, que cuando recibe luz a 38kHz, tiene una salida TTL constante de un nivel lógico, que no parpadea a 38kHz.
Para decirlo fácilmente, si el led emite luz a 38kHz, el TSOP se queda encendido mientras esa luz parpadee a esa frecuencia. Si el led enciende a 25kHz, por ejemplo, el TSOP no detecta nada.
La hoja de características para que lo estudies...
http://www.4shared.com/file/21697040/975af26d/TSOP1738.htmlCreo que cuando el TSOP1738 detecta 38kHz, pone su salida a 0V, y cuando no detecta 38kHz se pone a 5V, en la hoja de carc. viene detallada la info.
Y respondiendo tu primera pregunta, sí debes poner una resistencia en el led emisor, y dependiendo del voltaje de trabajo del led el valor cambia, pero debe funcionar con 220ohms.