ese dilema se agrava si no se conoce bien lo que se va hacer, digamos que me he aventurado en proyectos en el cual no tenía ni la mas remota idea

pero si ya has hecho algo parecido y conoces suficiente sobre el tema, entonces es justo cobrar por el trabajo, en otras palabras,
mientras mas experiencias tengas mas se cobracuanto se debe cobrar? bueno busca precios de otros competidores, yo normalmente tomo en cuenta los modulos del micro (es decir el costo por usar el usb es mayor al de usar el SPI que es mayor al de usar el timer).
todo depende de lo complejo de la programación (y del diseño del hardware que también tiene otro precio)
establece un plan de trabajo (asi como el que usan en las clinicas, que hasta por usar el lavamanos te cobran), y después asignas precios por partes.