Hola,
Haz una cosa:
Cierra el esquema y solo mantén abierto el PCB. Activas todas las capas, seleccionas todo, CUT (tijeras), GO (semáforo bajo la barra de menús) y luego con PASTE ( la brocha ) pegas todas las copias que quieras. El problema posiblemente es que si tienes el esquemático abierto a la vez, no te copia los pads ( o componentes completos ) para evitar una corrupción entre los dos ficheros. Me ha pasado en algunos diseños.
La mejor opción para no dejar corruptos los netlists entre PCB y sch es hacer una copia del .brd , abrirlo y hacer el proceso de copiado con todas las capas activas.
Ahí deberías poder hacerlo sin problemas y tu proyecto seguiría intacto.
Salu2