Hola!!!
Primero deberias bajar el parche para poder implementar el CCS dentro del MPLAB.
En caso de que ya lo tengas hecho e hisiste lo que dijo "marito" aun tienes problemas, prueba compilando tu código en el IDE CCS, si compila bien, entonces hay algún problema de comunicacion entre ellos...
Personalmente me ha funcionado cambiando la ruta del ejecutable de Ccsc.exe al .exe del ide en mi casa Pcw.exe, si haces esto en vez de conectarse internamente con CCS lo abrirá, ahí compilas, cierras CCS y lo tienes compilado en MPLAB, funka!!!
Saludos