Hola jeremy.
No debes poner el capacitor si utilizas directamente 3.3V de alimentación. Sólo como bien has dicho deshabilitas VREGEN y conectas Vdd(3.3V) directo al pin VUSB.
Igualmente, voy a destacar algunas experiencias personales del tema capacitores relacionados al USB. Esto aplica especialmente a dispositivos alimentados directamente desde el USB (BUS POWERED).
El valor del capacitor recomendado por el datasheet para VUSB es de 220nF, pero hasta Microchip mísmo en su PICDEMUSB utiliza uno de 470nF. Agrandar el capacitor de VUSB genera que VREG demore un poco más en estabilizarse, y he visto que introduce un poco más de in-rush current durante el encendido del módulo USB (USBEN = 1). Esto puede hacer que el valor de +5V del bus USB baje y el Host USB decida desconectar el dispositivo (o apagar la alimentación del BUS entero).
Me venía volviendo loco un problema que tenía con un circuito con 18F4550. Algunas placas, pese a ser idénticas a otras, se reiniciaban una y otra vez al encenderse. Debuggeando descubrí que se reiniciaban justo después del USBEN = 1 (encender el módulo USB). La solución fue dejar el capacitor de 470nF en VUSB, pero agrandar el valor del capacitor entre Vdd y GND (de 0.1 a 0.22uF). Esto solucionó el problema, el cual atribuyo a la in-rush current mencionada previamente aunque técnicamente parece haber pequeñas variaciones entre las pastillas de silicio de distintos 18F4550 ya que aprox. un 5% mostraba este problema pese a ser idéntico del resto, lo que implica que algunos uC pese a ser idénticos, consumían más corriente al encender el módulo USB que otros. Digo esto porque cambiando sólo el uC se solucionaba el problema. Tenganlo en cuenta!
