Hola fastyx, podrías postear el esquema que usas para el circuito del puente, o si usas un integrado especifico para tal función el código del mismo.
Si usas el circuito del cual dispones de los 4 pines para controlar el puente de mosfet, el control es sencillo, para que el motor este en reposo los 4 deben estar en bajo, para que el motor tenga un sentido debes poner el pin del canal N de un lado y al mismo tiempo el pin del canal P del otro en alto, para cambiar el sentido, los pines que antes estaban en alto debes ponerlos en bajo y subir los otros, PRECAUCION: nunca los 2 pines del mismo lado
deben estar en alto. Para tener un control de velocidad lo único que debes hacer es reemplazar la señal de alto de uno de los pines que se encuentren así, por el ciclo del PWM.
Espero te sea de utilidad, si tienes más dudas solo consúltalas y si puedes subir un esquema te podré ayudar de una forma mas acertada.
Atte. CARLOS