Hola santamariasebas, no creo que puedas variar la velocidad de manera independiente para ambos ejes desde una entrada análoga, si lo podrías hacer desde el G-Code, pero desde una entrada no creo. Esto es así, debido a que Mach3 no posee un control independiente de motores desde entradas. Si lo que puedes hacer es variar el feed rate, que es lo que debes de estar haciendo, y este feed rate es para todos los motores al mismo tiempo.
Un saludo.
Atte. CARLOS.