Pues los timer, se pueden configurar que sean incrementados con el clock interno o bien con uno externo, osea contador de pulsos externos. No todos...
Mira en el data... uno tiene la posibilidad de usar un cristal de paso bajo, hasta 200KHZ, pudiendo usar uno de 32,678KHz si se quiere por ejemplo hacer un RTC presiso y poder usar el cristal principal a la frecuencia que se quiera, por ejemplo 40MHz (en los 18f)
También tienes la posibilidad de contar pulsos externos, que es lo que quieres, de una señal que sea síncrona o asíncrona.
Si usas el timer en conjunto con el módulo CCP, en modo comparador, puedes hacer que cuando la cuenta llegue a un número concreto se genere una interrupción, ponga a nivel alto un pin o genere un evento de disparo del AD... De nuevo mira el data...