No he trabajado con el 2004, pero si este programa sigue las directrices de anteriores versiones, hay que hacer siempre lo mismo:
Crear un proyecto (PCB project), hacer el esquematico y crear un documento de PCB en blanco (Pcbdoc) y añadirlos al proyecto.
Una vez hecho el esquemático y asegurandose de que cada componente tiene el footprint deseado, se pasa toda la información del esquemático al documento de PCB (desde el menú Design "update pcb nombredeplaca.pcbdoc"

para rutearlo bien a mano o bien de forma automática (más recomendable la primera forma).
Es muy dificil explicar lo que preguntas en un solo post, estaría escribiendo durante bastante tiempo, pero esa es la forma de crear una placa, explicado de forma muy general.
Un saludo.