Hola Electronando!
Te refieres a la capa de color verdoso que tienen las PCB´s para proteger las pistas cuando se hacen de forma profesional??
Si es así, te explico lo que yo hago.
En 'Tool->Padstack->Select from Spreadsheet...' Podrás ver el tamaño de los pines de todos los componentes que tiene tú diseño. Ahí podras cambiar el tamaño de los padstack, el tamaño de los taladros, y el tamaño de la mascarilla de soldadura (que es lo que queremos saber como modificar).
En su día... un montador de placas me dió los valores óptimos para hacer las PCB´s y que la soldadura por ola saliera lo mejor posible. Estos son para una resistencia:

Lo que influye en la mascara de soldadura, juraría que es la capa SMTOP y SMBOT. En teoría esta capa estará en toda la placa exceptuando los pads de los componentes (que serán del típico color plateado para poder soldar). Por ejemplo, en el los valores que tenemos más arriba vemos que:
El taladro es de 0.910
El pad es de 1.420
La mascarilla llegará hasta 1.550 del centro del pad (es decir, un diámetro de 1.550 no tendrá mascarilla).
No se si me he explicado muy bien jeje, si hay algún problema me esmeraré un poco más

Un saludo desde Alicante.