Aver, Eagle a 2 caras, creo que esta bastante decente, yo solo hago placas de simple cara (algún dia montare la dichosa insoladora a 2 caras ...), lo que me da buen resultado es cuando ves que hay mucho cruce de pistas y va a ver puentes por fuerza, hazlos tu ya!! Eagle no es mas inteligente que tu rutando, cuando "deshagas" un poco el lio de la placa "a mano", guardas, autoruteas y si no te gusta como queda, sales y vuelves a cargarlo y haces un poco mano, asi grabando y autorutando hasta que llegas a lo que quieres.
Tienes que tener claro como configurar el autorouter, yo por ejemplo pongo al max (creo que 99) las vias, pads y las pistas que no predefino yo, así no se pone hacer nada en la otra cara ...
Espero que te haya servido, sobre todo con practica vas viendo como trabaja.