Buenas.
Si claro, los SMD van en el Layer BOTTOM, abajo, porque cuando usas los SMD te los pone en la cara superior Layer TOP y eso te puede originar vias y hacerlo a doble cara o con un poco de cuidado.
Entonces, los inverti y los puse debajo, de tal forma, que esten en la cara de pistas y quede todo a 1 cara. Si el EAGLE tuviera como el PROTEL el generador de 3D, se veria los SMD por debajo sin problemas.
Quedaria algo asi:
Cara BOTTOM y TOP:
Este circuito es un Keyer de telegrafia que lo he puesto como ejemplo de como he hecho yo el GTP con los componentes SMD.
Es una alternativa cuando se usan SMD para compactar de alguna forma el diseño. Hacer menos agujeros en la placa y conexiones mas cortas. Ya cuando pones una placa entera de SMD lo haces sobre el TOP.
Yo suelo poner esos parametros para que despues el fotolito no me deje pistas muy finas o poca separacion entre la cara de masa y alguna pista.
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PD: Fichero con el SCH y BRD de EAGLE del GTP-USB