Mmmmmm
El sistema bostrap tiene la ventaja de ser muy simple, pero imagino que vos queres manejar el motor PAP sin usar pwm, y si, vas a tener problemas con el capacitor por que si no enciende el transistor de abajo por un tiempo, se va a descargar el capacitor
Si el sistema bostrap te molesta se puede sustituir por una fuente de 15v , el tema es que esta tiene que estar aislada con un trasformador del resto del circuito, podrías armar una fuente switching
Porque no mejor haces un diagrama del circuito que queres usar para que se te pueda dar una mejor respuesta