Ya encontre que le pasaba.
Antes de nada, lo primero que hice fue montar el circuito para estabilizar a 5v, le paso 7,5 del transformador y me da los 5,03v. Con esto no consegui nada, asi que ...
Cambie el codigo del programa para que simplemente encendiera el led y OK!!, lo curioso es que al desconectar el transformador el led parpadeaba .... El parpadeo no era porque desenchufara sino por lo que habeis comentado, quedan cargados varios condensadores y provoca un parpadeo.
Puse 2 leds y un programa que solo encendiera los 2 leds, como todavía no se que otras ordenes tenia que darle en el programa, copie el programa de intermitencia de 3 leds (un poco mas abajo en Ejemplitos C), lo vario para que funcione con 2 y .... tachan!!!! funciona !!!!

Conclusion final (despues de mas pruebas)
la línea
#fuses XT,NOWDT,NOPROTECT,PUT //ordenes para el programador
no la hacía funcionar, sin embargo con la linea:
#fuses XT,NOCPD,NOWDT,NOPUT,NOLVP,NOBROWNOUT //ordenes
Funciona perfectamente.
Ya solo me queda averiguar que es cada una de esas ordenes.
Un saludo y gracias por todas las aportaciones