Si te he entendido bien, quieres que al hacer el autoroute a doble cara, algunas pistas (no todas , porque si es a doble cara no pueden ir todas por abajo) vayan por la cara de abajo (bottom layer) no es así?.
Bien, pues Protel es un software que se basa en reglas de diseño, reglas que tu puedes definir. En el menú "rules" tendrás que definir una regla que indique que pistas exactamente quieres que pasen por la cara de abajo. Así al hacer el autoroute, el soft debe cumplir esa regla de diseño que tú le has impuesto y las pistas que tú has elegido irán solo por la cara de abajo.
De todos modos si aceptas un consejillo, te diré que si la placa no es muy complicada siempre es mejor "rutear" a mano, pues siempre tendrás el absoluto control sobre donde quieres que pasen las pistas. El protel tiene una herramienta genial que se llama "interactive routing" que permite hacer un "ruteo" a mano muy eficiente.