Hola electronando!
Por un lado tenemos el tamaño del Drill (taladro) y por otro tenemos el tamaño del Padstack (circulito de cobre que rodea al taladro).
Con el tamaño del Drill configuramos el tamaño de la broca que utilizará el hombre que nos haga las PCB´s (para el caso que las insolemos y taladremos nosotros mismos, ese tamaño no nos importa).
Lo que si que tenemos que tener en cuenta es el tamaño del Padstack.
¿Dónde y cómo se configura? Pincha en 'Tool -> Padstack -> Select from Spreadsheet...'
Te aparecerá una ventana con todos los componentes que tiene tu diseño y... con todas las capas que tiene cada componente. Si varías el tamaño en la capa TOP y BOT de cualquier componente, lo que estarás haciendo es cambiar el tamaño del pin.
Fijate que en esta imagen tengo seleccionado el conector de 3 bornes en la parte superior del diseño. Su tamaño es de 3mm.

Ahora cambiamos el tamaño en la capa TOP y BOT y obtenemos:

Si te fijas tb en la capa Drill tenemos configurado el tamaño del taladro (siempre menor que el tamaño del pin lógicamente).
Un saludo desde Alicante.