No es cuestión de decidir cuales son las mejores,sino cual o cuales se adaptan a tus circunstancias y,sobre todo,la disponibilidad de herramientas de desarrollo.
Yo personalmente únicamente conozco la gama Spartan de Xilinx,de hecho tengo una,así que no te puedo aconsejar sobre las otras.Estas fpgas son de las más usadas,junto a altera y lattice,y las he visto en ámbitos diversos como sistemas de instrumentación o aplicaciones de audio.
No se decirte si con otros fabricantes ocurre lo mismo,pero xilinx pone a tu disposición una completa variedad de herramientas de desarrollo para sus fpgas de forma gratuíta.
Saludo
