Hola elmasvital !
Yo suelo modificar los padstacks de la siguiente manera.
Si pinchas en Tools -> Padstacks -> Select from Spreadsheet te aparecerá un menú.
Ahora lo que puedes hacer es ir pinchando componente a componente y verás como se van seleccionando en las tablas que te aparecen en el menu. Bien, llegados a este punto nos daremos cuenta que cada componente tiene un monton de capas (TOP, BOTTON, DRILL, etc. etc.). Que quieres cambiar el tamaño del padstack de las resistencias en la capa TOP, pues... selecciona una resistencia y pincha 2 veces en la capa top de ese componente (y pon el tamaño que te de la gana

).
Respecto a tu segunda cuestión, imprimir las 2 caras a la vez en un mismo folio no se (al no ser que quieras meter 2 veces el folio en la impresora

), pero, si le das a la tecla de borrar en el layout plus te desaparecerá todo el dibujo, ahora... si seleccionas la capa TOP, sólo te aparecerá la capa TOP (y ninguna otra). Esto es muy cómodo a la hora de ver como queda el ruteo de las pistas sin que la serigrafía te moleste (segun vallas seleccionando capas te irán apareciendo).
Como no se si me he explicado muy bien... si te queda alguna duda coméntalo y en cuanto tenga un minuto me esmero un poco más

Un saludo desde Alicante.