Hola electronando.
No entiendo muy bien cuál es tu problema, pero rescato algunas cosas.
Tienes un fototransistor conectado a través de un coaxil a un equipo (que no sé muy bien que hace) y dices que tienes, ocasionalmente, ruido.
Qué distancia es la que usas de coaxil ?
Qué coaxil usas ?
Si es fino el coaxil, prueba de conseguirte un toroide de alguna vieja fuente de PC (de la salida de tensiones, el grande) y enrolla algunas vueltas del coaxil en el toroide antes de entrar al circuito. este procedimiento atenúa mucho los picos de ruido que se inducen en los coaxiles.
Luego utiliza muchas bobinas con núcleo de ferrite en las alimentaciones de las distintas etapas para reducir lo más posible, cualquier interferencia provocada por ruido eléctrico.
Lee el artículo de Charly, acerca de la reducción de interferencias también.
http://www.todopic.com.ar/foros/index.php?topic=12944.0Si te es posible, amplía un poco los conceptos acerca del equipo y el defecto ya que, como te dije, no me quedó muy claro. Tal vez con una mejor interpretación pueda opinar mejor.
Saludos
Mario