No, llanerita, los comandos que empiezan por # son las directivas del compilador, y sirve para indicarle al mismo cómo debe compilar el programa, aunque luego no forman parte del mismo.
Por ejemplo, #use delay (4000000), sólo afecta a aquellas instrucciones en las que haya alguna actividad que dependa del tiempo (comunicaciones usart, delays,...) y por lo tanto, el compilador tiene que calcular cuántos ciclos de espera ha de incorporar a esas funciones en función del delay que hay establecido.
Aunque hay muchas directivas distintas; por ejemplo los #fuses sí que se almacenan en el HEX en un sitio determinado, pero creo que son la excepción a la regla.
