Aunque parece haber el siguiente problema con el auto-router. Si los planos de masa están vinculados a alguna red (tierra, Vcc, ...) y por la distancia configurada y la introducción de las pistas/vistas desaparece el plano de masa de alguna zona, el autorouter directamente no rutea los pads que antes estaban unidos al plano de masa.
Perdonen por la mala explicación, pero es algo difícil de describir.