Eso es por que es un LED transparente.
Para evitar esos problemas, cuando vuelvas a comprar led de varios colores, asegúrate de que son de los denominados "difused", difusos en castellano. Te lo digo por que a mí me pasó lo mismo.
Estos led difusos no son transparentes sino translucidos y difuminan los tres colores de manera que se ve homogeneo.
Una solución alternativa es pegar un trozo de celo translúcido en ellos, "papel cebolla" o cualquier cosa que deje pasar la luz sin ser totalmente transparente.