hola
eagle te mostrará las que estén activas, es decir las que muestran un círculo verde a su derecha...
para saber cuales están activas en el panel de control haz click sobre Libraries, es posible que en un descuido las hayas desactivado todas. con un click del botón derecho sobre Libraries verás que es posible activar/desactivar todas a la vez. espero que sea eso...
borré tu otro post ya que era idéntico a este
un saludo