En principio, a mi me actualiza bien los cambios en el esquematico. Podrias adjuntar tu proyecto con ambos footpint y le echamos un vistazo?
Si alguna vez me ha hecho algo asi, borraba el componente en el pcb, actualizaba el pcb y te añadia de nuevo el componente con el footprint correcto, pero como te digo, esto me pasa una de cada mil veces, y tampoco se a que se debe.
Un saludo. Dani.