Es probable que te este creando una serie de datos por cada columna, lo que hace que el gráfico no haga mas que presentarte las dos series como dos curvas diferentes con valores de eje X simplemente iguales al numero de dato (Para 1 de x va a colocar el dato de la primera fila de ambas columnas y asi sucesivamente).
Depende del Excel que este utilizando, pero en forma general, en las propiedades del gráfico, existe una pestaña en la que puedes seleccionar los datos que van a ir en el eje horizontal y ahi es donde debes seleccionar los datos de la columna X.
No recuerdo como era la ubicación en excel 2003 o inferior, pero en la version nueva debes hacer click derecho en el gráfico, luego en el comando "Seleccionar datos" y te aparecerá una ventana con dos listas, una dice "Estiquetas de leyenda (series)", ahi colocas los datos para el eje Y y luego a la derecha de esta tienes una columna que dice "Etiquetas del eje horizontal" donde agregas los valores que quieres colocar en el eje de las abscisas.
Tal vez alguien que siga utilizando la versión antigua de Excel pueda indicarte la ubicación de la misma lista, pues no es la misma.
Espero haber sido de ayuda. Saludos!
