El círculo no significa que haya una buena conexión, sino todo lo contrario. El círculo sale cuando en el mismo punto hay más de dos conexiones, por ejemplo, cuando en medio de un cable sacas un tercero.
Lo que parece es que tienes mal ajustado el grid. Lo normal es trabajar con un grid de 100mil.
Una vez que lo ajustes, selecciona todos los componentes y con el botón derecho sobre cualquiera de ellos dale a la opción Alinear al grid.
En cualquier caso, creo que lo más recomendable para asegurarte que las conexiones están bien hechas es poner los componentes separados y tirar un Wire entre ellos, como te recomienda Santiago.
