En otros simuladores no se como será, pero en ModelSim es tan sencillo como colocar el fichero (llamémosle estimulos.txt, por ejemplo) en el directorio de trabajo y escribir en la línea de comandos:
do estimulos.txt
El contenido del fichero puede ser algo como esto:
vsim LIBRERIA.ENTIDAD -- Abre el simulador para simular ENTIDAD, ya compilada en LIBRERIA
add wave -r /* -- Añade los puertos de la entidad a la ventana de visualización de formas de onda
force CLK 0, 1 50 -r 100 -- Configura la señal CLK como señal de reloj con un perdiodo de 100 ns
run 200 -- Ejecuta 200 ns de simulación