Hola, martyyn, algunas sugerencias que se me ocurren...
primero, siempre que sea posible, alimentar ambos circuitos con fuentes independientes.
Esto nos dará idea si la interferencia entra por la alimentacion o es que se induce.
Si se induce, y son pcb separados, la intencidad dependerá de la distancia. Por lo que al alejarlos, deberá disminuir
Si, lográs confirmar que es efecto del ruido ambiental, suele ser una alternativa, agregar un plano de masa, por el lado de las pistas. Si se puede construir una jaula de faraday mucho mejor.
Si, el tema es por la alimentacion, es mas facil. Habra que construir algun filtrado, con un arreglo CLC o algo así. Pero para eso habra que ver el circuito.