Hola, a la pregunta que si incrementando con ++ una variable int1 cambia de estado, la respuesta es si. Para hacer que el timer no funcione, debes colocar una instrucción como: "setup_timer_1(T1_DISABLED);" seguida de "disable_interrupts(INT_TIMER1);", ya que si simplemente quitas la instrucción "set_timer1 (3036);" el timer seguira funcionando y comenzará su conteo desde 0.
Un saludo!