Hola Dani, si entendí bien, tu tienes un dispositivo movil tipo PocketPC y con el puerto serie de ese PocketPC te conectas a una placa con PIC que seria la que recolecta datos físico por ejemplo estado de botones o le envias datos como para prender algun led, etc.
Para cumplir esta función imagino ya tendras un programita que corre en ese dispositivo movil que se comunica mediante el puerto serie.
Ahora lo que quieres hacer es comunicarte con ese dispositivo movil a traves de internet usando TCP/IP desde cualquier otra PC. Por lo que dices, el dispositivo movil tiene conexion a internet, entonces en la red en la que se conecta se identifica mediante una IP, por ejemplo 192.168.100.1.
Para hacer la comunicación no es necesario hacerlo mediante una aplicación Web, es decir, puedes hacer una aplicación, un programa ejecutable, que sea como una consola de red, en ambos lados, en la PC y en el dispositivo movil, que escrivan y vean datos en un puerto especifico.
En el dispositivo movil puedes incluir esta funcionalidad dentro del mismo programa que manejas la comunicación por puerto serie con el PIC.
Para esto puedes usar las librerias de Microsoft de Windows Socket (Winsock) ahi tienes algo de info
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms899586.aspxY de esta forma no necesetitas hacer una aplicación Web. Aqui tienes un buen tutorial sobre WinSock en C
https://www.underground.org.mx/index.php?topic=20773.0El tema de esto es que necesitas tener un programa ejecutable en la PC que te sientes, y si lo que quieres es manejar ese dispositivo por decir asi desde un cibercafe, ahi si que necesitarias una aplicación Web, pero te independisas del programita especifico.
Ahora para aplicaciones Web ya no sabria decirte porque nunca he trabajado con eso.
Espero no haberte liado y que esto te sirva.

Saludos, Willy
